Sekolah Kebangsaan Bandar Dua, Paloh Hinai, Pekan (SKBD) mula dibuka di atas tanah berkeluasan 7.98 ekar (3.23 hektar) pada 2 Januari 2004. Bilangan murid yang memulakan persekolahan pada ketika itu seramai 139 orang yang terdiri daripada 72 orang murid melayu, 63 orang murid Orang Asli dan 4 orang murid India manakala bilangan guru pula hanya seramai 6 orang sahaja. Pada bulan Mac 2004 bilangan guru telah bertambah kepada 12 orang yang terdiri dari 5 orang guru perempuan dan 7 orang guru lelaki.

Jika kita meneliti sejarah awal sewaktu SKBD mula dibuka sekolah ini disenaraikan sebagai Sekolah Kurang Murid (SKM) kerana bilangan muridnya yang sedikit berbanding prasarana sekolah ini yang mempunyai hampir semua kemudahan yang diperlukan untuk menjana kegemilangan dalam bidang pendidikan bagi komuniti setempat yang terdiri dari orang Melayu, orang Asli, orang India dan lain-lain lagi.

Justeru itu SKBD telah dicadangkan untuk dijadikan Sekolah Model Khas Komprehensif (K9) oleh YAB Timbalan Perdana Menteri Dato’ Sri Mohd Najib dalam ucapan perasmian penutupan ”Program Outreach Pendidikan Khas dan Lawatan Kerja Menangani Isu-isu Pendidikan Anak-anak Orang Asli di Chini, Pekan, Pahang pada 18 - 23 September 2006” agar prasarananya dapat dimanfaatkan dengan lebih meluas lagi oleh komuniti setempat.

Pada 8 September 2007 Sekolah Kebangsaan Bandar Dua, Paloh Hinai Pekan telah dirasmikan sebagai Sekolah Model Khas Komprehensif (K9) oleh YAB Timbalan Perdana Menteri Malaysia Dato’ Sri Mohd Najib Bin Tun Abdul Razak. Diharapkan SKBD akan dapat dimanfaatkan oleh sebilangan besar masyarakat sekitar bagi memajukan prestasi dan pencapaian murid-murid dalam bidang pendidikan.